Buenas,
Nosotros para Efeso cogimos un taxi entre 4 e hicimos Sant Juan, Iglesia de la virgen Maria y Efeso por 100€ el taxi + 24€/persona en entradas saliendo pronto del barco y a las 14 horas estabamos en el barco para comer (la misma excursion con organizada costava 86€/persona, esto si, tenias guia) e ir a dar una vuelta por la ciudad (recomendable, como dice Jolene, coger taxi hasta el centro).
En Mikonos fuimos a Delos en barco por la mañana ya que cierran a las 15:00 (17€/persona barco ida y vuelta + 5€/persona la entrada). Para ir del barco al pueblo ponian un autobus a 9,5€/persona para ir y volver tantas vezes se quisiera (hay la opción de bus publico, pero te tienes que esperar a las horas que pasa, al estar bastante tiempo en la isla vale la pena coger el del barco).
En Santorini realizamos la misma operación que Jolene, ya que para evitar colas és la más efectiva. Sino, a chuparse 2 horas de cola para el funicular o a arriesgarse con los burros o a pie (bastante gente volvia con rasguños en esta última opción, ya que los burros van a saco).
En Rodas el barco para justo a las puertas de la ciudad. Hay tiempo para ir a Lindos (autobus al otro lado del puerto por 5,4€/trayecto) y ver la ciudad por la tarde (aunque por la tarde ya hay bastantes sitios interesantes cerrados en Rodas).
Por último, muy recomendable la visita a las cocinas del barco.
No os digo más, ya que el resto de información de estos puertos podeis encontrarla en dónde la saque yo:
descargas.pitupo.es/Entrar/guias.htm
Saludos,